1899年，毓贤出任新的山东巡抚 。他对于遍地开花的义和团运动，提出了“民可用、团应抚、匪必剿”的口号 。
从此，清廷开始公开转变态度，对义和团的态度也“由剿转抚”，将其逐步纳入到了民团的范畴之内 。
但是，山东肥城却在当年发生了传教士再次被杀的事件，毓贤的安抚之策宣告完全失败 。义和团运动的过激之举，使得满清政府和各国势力都极为不满 。
袁世凯出任山东巡抚后，对义和团运动采取了高压政策 。他不再进行安抚，转而采取了强硬的军事手段予以镇压 。
不过，时而安抚，时而镇压，各国列强已经完全失去了耐心，不再继续信任慈禧的满清政府，纷纷出面施压 。
更有甚者，还联合向总理衙门递交国书，要求清廷释放思想开明，因为“戊戌变法”而被囚禁的光绪皇帝 。
这下，外国列强算是彻底得罪了慈禧太后，因为光绪皇帝是她的软肋，谁都碰不得，也不敢碰 。洋人要求释放光绪皇帝，无异于和慈禧太后彻底决裂 。
1900年1月，慈禧为了给洋人还以颜色，公然颁布了扶持义和团运动的诏令，支持并鼓励他们向洋人寻衅滋事，将“扶清灭洋”的运动推向了高潮 。
期间，义和团运动可谓是迅猛发展，不仅在山东地区，就连京、津地区都充斥着此起彼伏的义和团运动 。一时间，大街小巷都是义和团的教众和信徒 。
1900年5月底，数万自称是义和团的乱民和匪徒，攻占了涿州城 。这次事件，是义和团直接占据州县的开端 。
面对这样的乱局，洋人很生气，慈禧太后也很生气！但是，这种局面是她自己的长期纵容才造成的，因此，清廷就是继续死不松口，迟迟不见更张政策 。
1900年6月，眼见清廷对于义和团运动继续纵容，各国势力联合出击，出兵攻占了天津的大沽口炮台 。此后，多国政府联合向清政府提出最后通牒 。
1900年6月17日，慈禧太后一锤定音，决定不再左右摇摆，而是旗帜鲜明的支持义和团运动，共同抵抗国外势力的进攻 。据《清史稿》记载:
今日之事，诸大臣均闻之矣 。我为江山社稷，不得已而宣战 。如战之后，江山社稷仍不保，诸公今日皆在此，当知我苦心，勿归咎于一人，谓皇太后送祖宗三百年天下 。
于是，慈禧太后同时向德国、英国、美国、法国、比利时、日本、俄国、西班牙、意大利、荷兰、奥匈帝国，共计十一个国家同时宣战 。真的是，无知者无畏！
宣战的同时，清廷还公开悬赏义和团杀洋人、灭洋教、烧洋货 。甚至于，政府还进行了明确的规定，比如:杀洋人领赏五十两、杀洋妇领赏四十两、杀洋孩领赏三十两 。
到后来时，义和团不仅乱杀洋人，而且还乱杀中国人，已经成了一种匪乱 。据西方教会的统计，在清末的义和团运动中，有二百四十多名外国人和两万多名中国人被直接屠杀 。
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