坡根型：此类根条粗细长短不一，分生侧根较多，交叉生长，俗称“鸡爪根”，多数入土较浅，斜坡角度大 。如“青山贯雪”、“白玉”、“黄花葵”等品种，此类牡丹产丹皮质量、产量低于直根型，不适于药用栽培 。
中间型：此类根条稀密适中，无明显主根，生有多数粗细均称、根皮光滑的“面条根”，平均入土深度在70-80厘米，如“种生黑”、“姚黄”等，既可观赏，又可药用 。
牡丹花叶柄
牡丹的叶柄凹处多为暗紫、紫红、灰褐、黄绿等不同颜色，叶柄也有粗细、硬软、长短之分，长者可达40厘米，短者不过10厘米；叶柄的长短，特别是叶柄和枝条夹角的大小因品种不同差异较大，同时对花的观赏价值影响也较大，叶柄与枝夹角大，叶面平展或下垂，叶也较稀，如“墨魁”，花朵均着生在叶丛之上，形成花美叶秀，相得益彰的观赏价值；相反，叶柄较短，叶柄与枝条夹角较小，因枝叶紧密，花朵常藏在叶丛中，造成“叶里藏花”现象，大大降低了观赏价值 。
牡丹花胚芽
牡丹的芽外由6-8枚鳞片所包，所以牡丹芽又称“鳞芽” 。牡丹以鳞芽越冬 。牡丹的芽按功能和分化程度分为花芽、叶芽、潜伏芽和不定芽四种 。
花芽：牡丹的花芽为混合芽，能抽枝、长叶、开花 。着生在枝条顶端的称为“顶生花芽”，开过一次花的枝条，花茎便自行干枯回缩一段 。着生在干枯花茎下部的叶腋间的花芽称为“腋生花芽”或“侧生花芽” 。花芽一般都比较肥大饱满，剥除鳞片，可见“花胎”（即鳞芽内部的幼小花蕾） 。
叶芽：叶芽只抽枝长叶，多数着生在花芽下部的叶腋间，也有着生在枝条顶端的，较花芽瘦小，萌发后发育成枝条 。
潜伏芽：潜伏芽着生在新枝的最下部，形状瘪小，如粟粒，俗称“狗鳖” 。平时不萌发，在花芽、叶芽或枝条受伤后才能萌发，其寿命较长，可维持10-15年之久 。
不定芽：着生在根茎处的芽叫做“不定芽” 。出土后抽生为萌蘖枝，俗称“土芽” 。不定芽萌发力特强，是接穗、更新老枝（股）和增加新股的主要来源 。不定芽当年不开花，生长旺盛者，在顶部当年可发育分化形成花芽，翌年开花 。
牡丹在芽因品种不同在形状、颜色等方面均有差异，形态百出，各有特征 。大体上有圆锥型、珍珠型、扁圆型、长锥型、鹰咀型等；各形状之间又有大小、鳞片的多少、芽质瘪瘦虚实等差别；颜色也有青绿、黄绿、土红、土黄、银灰、棕褐和不同程度的紫红等色；另外还有花色和混和色，是秋季分辨品种的主要依据 。因此，单靠芽的形状、颜色等很难识别牡丹的品种，需靠长期耐心细致的观察，才能掌握每一品种鳞芽的特性 。
牡丹花分枝
因当年生效枝上节间长短不同，着生芽数及新枝萌发力强弱也不同，分枝的习性也有明显差异但分枝上有以下类型：
单枝型：当年生新枝节间长，着生芽较少，仅在基部1-2节部位或第1-3节部位上生芽，并且这些新芽中，当年仅有一芽萌发成为当年生新枝，该类型一般株高枝稀，如“姚黄”等 。
稠枝型：当年生新枝节间短，着生新芽较多，一般3-5个，新芽发枝力强，每个新芽在当年都能抽出形成短枝，枝多较稠、丛生 。这类品种的植株一般较矮，分枝密 。如“瑛珞宝珠”、“丹炉红”、“脂红”等 。
牡丹花叶片
牡丹叶互生，由叶片、叶柄组成 。叶形、大小、色泽、质地等因品种而异可分为以下几类：
大形圆叶型：全叶大而圆，长40厘米以上，宽25厘米以上，小叶宽大，圆纯而肥厚，呈广卵形或卵形；侧小叶边缘缺少；叶面多平展 。如“王红”、“大胡红”、“墨魁”、“首案红”等 。
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