茶尺蠖小RNA病毒5’端非编码区的克隆和测序及与哺乳动物小RNA病毒的比较分析

用Trizol从纯化的茶尺蠖Ectropis oblique小RNA病毒(EoPV)中提取病毒基因组RNA, 逆转录后加poly(dT), 然后进行两步PCR扩增基因组5’端 。 克隆测序后, 对其5’端非编码区的核苷酸序列进行分析, 发现具有哺乳动物小RNA病毒的5’端非编码区的一些特征:A/T含量丰富、起始密码子上游AUG和小顺反子多 。 利用mfold预测了EoPV5’端非编码区的二级结构, 存在4个茎环结构, 有哺乳动物内部核糖体进入位点(IRES)的保守区域, 即含保守基序GNRA的茎环A和A/C丰富的环B及多聚嘧啶区域 。 据此推测EoPV基因组翻译采用IRES起始机制 。 【茶尺蠖小RNA病毒5’端非编码区的克隆和测序及与哺乳动物小RNA病毒的比较分析】完成机构:武汉大学生命科学学院, 武汉430072

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