但是，荀彧劝说曹操，
“昔汉高祖东伐为义帝缟素而天下归心 。自天子播越，将军首唱义兵，徒以山东扰乱，未能远赴关右，然犹分遣将帅，蒙险通使，虽御难于外，乃心无不在王室，是将军医天下之素志也 。今车驾旋轸，义士有存本之思，百姓感旧而增哀 。诚因此时，奉主上以从民望，大顺也；秉至公以服雄杰，大略也；扶弘义以致英俊，大德也 。天下虽有逆节，必不能为累，明矣 。韩暹、杨奉其敢为害!若不时定，四方生心，后虽虑之，无及 。”太祖遂至洛阳，奉迎天子都许 。”
曹操最后听取了荀彧的意见，亲自带兵把汉献帝迎到了许昌，从此以皇帝的名义，命令各路诸侯，各方势力，从战略上取得了优势，这也是他最终能够统一北方的重要基础 。
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虽然荀彧的功劳很大，曹操也很器重他，但荀彧和曹操的理想信念始终是不同的 。曹操是想要做皇帝的人，而荀彧始终是想恢复汉室江山 。最开始的时候，两人能够达成一致，因为曹操要做皇帝，就要扩张自己的势力，而荀彧要依靠曹操恢复汉室江山，也必须帮助曹操强大起来，才能有能力拨乱反正 。
然而，当曹操的势力真正强大起来之后，两人就出现了分歧 。曹操开始积极为篡位做准备，许田围猎一事，就是最好的证明，荀彧则力图拖缓这一进程 。
212年，曹操欲进爵魏公、加封九锡，这就是要篡位的预兆了，因为九锡之礼并不是普通臣子所能得到的，当年董卓权势滔天，剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名，也不敢请加封九锡 。在此之前，汉朝加封九锡的只有一个，就是王莽 。而从以后的历史来看，凡是加封九锡的，基本也都篡位了 。
对此，荀彧坚决反对，他说，曹操“本兴义兵以匡朝宁国，秉忠贞之诚，守退让之实；君子爱人以德，不宜如此” 。
因为荀彧的反对，最终这次进魏公、加九锡之事没有完成 。曹操此时也明白了，两人合作的道路已经走到了尽头，接下来只能分道扬镳了 。但是，像荀彧这样的人才，绝对不能留给自己的对手，因此决定除掉荀彧 。
建安十七年冬十月，曹操兴兵下江南，命一向不随军出征的荀彧同行 。荀彧知道，曹操有杀己之心，便托病停在了寿春 。荀彧不来，曹操也有办法，他派人送去了一个一盒，盒上还有曹操的亲笔封记 。
但当荀彧打开盒子时，却发现其中并无一物 。荀彧明白了，曹操的意思是，你想食汉禄，已经不可能了，要么拿我给的俸禄，要么你就自杀吧 。
最终荀彧不肯背叛自己的信念，选择了服毒自杀，年仅五十岁 。
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那么，荀彧既然已经发现曹操想篡位称帝，为什么不肯背叛曹操，转而去投奔号称“刘皇叔”的刘备呢？虽说刘备也不见得不想当皇帝，但起码刘备是皇室中人，即便他当了皇帝，那也是延续了汉室，就如刘秀当年的东汉延续了西汉一样啊 。其实，荀彧去投奔刘备是不可能的，原因有三 。
第一，荀彧要顾及家族所有人的性命 。荀彧29岁投奔曹操，死的时候50岁，在曹营干了21年，位高权重 。而他出生名门大族，所以这二十多年来，投奔他的族人肯定不在少数 。这些人因为荀彧的关系，有能力的在曹营做官、当兵，没能力的也可以种田耕地，混碗饭吃 。
而且，荀彧至少有五子一女，其中长子荀恽娶了曹操的女儿安阳公主，有四个儿子都在朝中为官 。侄子荀攸，更是曹操手中的重要谋士之一，深受曹操器重 。如果荀彧背叛或者谋反，一旦失败，那么不仅是他会被杀，在曹营的众多族人也会受到牵连，至少其妻、子、女不能幸免 。荀彧考虑到家人的安危，不可能铤而走险 。
