淳熙九年（1182年），朱熹52岁时，才将《大学章句》、《中庸章句》、《论语集注》、《孟子集注》四书合刊，经学史上的“四书”之名才第一次出现 。之后，朱熹仍呕心沥血修改《四书集注》，临终前一天朱熹还在修改《大学章句》 。朱熹将《四书》定为封建士子修身的准则，《四书》构成了朱熹的一个完整的理学思想体系 。元朝迄至明清，《四书集注》遂长期为历代封建王朝所垂青，作为治国之本，也作为人们思想行为的规范，成为封建科举的标准教科书 。对发展中华传统文化作出了杰出的贡献 。
淳熙十年（1183年），朱熹在武夷山九曲溪畔大隐屏峰脚下创建武夷精舍，潜心著书立说，广收门徒，聚众讲学 。淳熙十二年，朱熹到浙江，与陈亮展开义利王霸辩论，力陈浙学之非 。
淳熙十五年（1188年）十一月，上《戊申封事》 。主张“正心”、“任选大臣”、“振举朝纲”等事 。淳熙十六年（1189年），诏命朱熹知漳州 。绍熙元年（1190年），61岁的朱熹到漳州赴任 。朱熹在漳州的全部施政变革，主要体现在正经界、蠲（免）横赋、敦风俗、播儒教和劾奸吏等方面，而正经界则是他全部变革的灵魂 。时值当地土地兼并之风盛行，官僚地主倚势吞并农民耕地，而税额没有随地划归地主，至使“田税不均”，失地农民受到更为沉重的剥削，导致阶级矛盾激化 。为此，朱熹提出行“经界”，即核实田亩，随地亩纳税 。这一建议势必减轻农民负担，但却损害大地主的利益，所以遭到后者的强烈反对，“经界”终于未能推行 。绍熙二年（1191年）正月，朱熹长子朱塾卒 。闻噩耗后，朱熹无奈以治子丧请祠 。五月，朱熹迁居建阳 。次年，承父志建“竹林精舍”，后更名为“沧洲精舍”，即淳祐四年（1244年）诏赐的“考亭书院” 。
绍熙五年（1194年），湖南瑶民蒲来矢起义，震动了朝野，湖南地方局势骤然紧张起来 。朱熹临危受命，除知潭州、荆湖南路安抚，赐紫章服 。具有道学家傲骨、强烈忧国忧民心态的朱熹，不敢推辞朝命，欣然拜命前往赴任 。五月，朱熹至潭州 。此时，瑶民已败退深山，被困溪洞 。朱熹采取了善后招抚的怀柔政策，遣使招降瑶民起义军首领蒲来矢 。因本次镇压瑶民起义是湖北、湖南两地的共同行动，朱熹的招抚遭到了湖北帅王蔺的反对，在蒲来矢押解后，王蔺主张斩杀以警众 。朱熹不得不在入都奏事中，直接向宋宁宗面恳，要求对瑶民“毋失大信” 。朱熹的这种做法，对平息民愤、安定边陲、缓和同少数民族的关系都具有重大意义 。朱熹到任后，兴学校，广教化，督吏治，敦民风 。朱熹改建、扩建了位于湖南长沙岳麓山下的岳麓书院，空余时间亲自到此讲课，使岳麓书院成为南宋全国四大书院之一 。最能体现朱熹在岳麓书院讲学意义的，是朱熹在会讲时提出的事物“相对”的理论 。他认为：天下事物都是有对的，一便对二，形而上对形而下，有上便有下，有高便有低等等 。对事物内部的矛盾、变化、发展和互相联系、互相制约的辨证过程，有着比较深刻的认识 。
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