财政专项基金和专项资金的区别如下：
1、用途不同
地方专项资金来源主要是地方财政部门安排的预算内资金、预算外资金、上级补助或上级拨款的资金、政府性基金及转移支付资金等；
而财政专项基金的使用主要是地方政府承担的基础设施建设和发展及其他专项事业支出等 。
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2、制度不同
专项资金的拨付本着专款专用的原则，严格执行项目资金批准的使用计划和项目批复内容，不准擅自调项、扩项、缩项，更不准拆借、挪用、挤占和随意扣压；资金拨付动向，按不同专项资金的要求执行，不准任意改变；特殊情况，必须请示 。
而严格财政专项基金初审、审核、审核制度，不准缺项和越程序办理手续，各类专项资金审批程序，以该专项资金审批表所列内容和文件要求为准 。
3、特点不同
财政专项基金以资本金投入方式对科技型中小企业进行补助, 主要目的在于引导其他资本的投入, 数额一般不超过企业注册资本的20% ,原则上可以依法转让, 或者采取合作经营的方式在规定期限内依法收回投资 。
而专项资金不同于财政直接补贴，它有严格的管理要求，需要在基金设立之前就必须明确资金的数量、用途、对象、支付方式和补贴方式 。
参考资料来源：百度百科-财政专项基金
百度百科-专项资金
【财政专项基金和专项资金有什么区别】
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