一、概念不同
1、公司制企业是指按照法律规定，由法定人数以上的投资者(或股东）出资建立、自主经营、自负盈亏、具有法人资格的经济组织 。我国目前的公司制企业有有限责任公司和股份有限公司两种形式 。
2、非公司制企业，是指不受《中华人民共和国公司法》、《中华人民共和国中外合资经营企业法》、《中华人民共和国中外合作经营企业法》、《中华人民共和国外资企业法》调整，目前仍然依法存续，从事生产、经营、服务的企业 。
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二、分类不同
1、非公司制企业
1）个人独资企业
个人独资其实就是你自己成立的公司就由自己的管理，不用假手于人，但同时与此相对的，倘若公司面临了什么问题，所有的责任也将一个人承担 。
2）合伙制企业
【公司制企业和非公司制企业的区别】合伙制企业则不同，公司并不是交由一个人管理，利润也并不是由一个人独享，所以要面对的风险自然也不用一个人承担 。
3）合作制企业
合作制企业与合伙制企业仅一字之差，可两者之间确实千差万别 。合伙是法律概念，合作是生活概念 。合作制企业，顾名思义就是双方或多方在资金、劳动等各方面进行合作，共同经营的企业 。
2、公司制企业
1）有限责任公司
有限责任公司，顾名思义就是责任有限，同时也是资源有限 。且分为 普通有限责任公司 和 一人有限责任公司 两种。普通有限责任公司则要求股东人数需在2人以上，50人以下；而一人有限责任公司要想注册，最低注册资金不得少于3万 。
2）股份有限公司
股份有限公司就不同了，股东人数相较于有限责任公司更多至2人以上，200人以下，而且就如以往影视剧中所写，公司的资本全部划分为等额股份，股东们认购的股份越多，所要承担的责任就越大 。
三、承担的民事责任不同
1、公司制企业为以投资人的个人财产对企业债务承担无限连带责任 。
2、非公司制企业为以其投资额承担有限责任（除外情形：若不能证明公司财产独立与投资人的个人财产时，投资人也要对公司债务对外承担无限连带责任） 。
参考资料来源：百度百科-公司制企业
参考资料来源：百度百科-非公司制企业
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