此次战败， 飓风与元军指挥上的不当， 固然是重要因素， 然而其中的另一个重要原因却还是元军所使用的战船 。
元朝水军主力是前南宋水师， 元军征服南宋的过程中， 从南宋水军收获的战船大部分是由从襄阳之战到临安入城， 在汉水、长江流域江上作战、受降所得 。 沿海、海上所获南宋战船则是在崖山之战前后得自南宋残存政权 。
当时南宋水军的主要战斗在内河与近海， 南宋水师熟悉河战却不了解海战 。 收编南宋水军装备的大都是平底船， 这种船大约发明于唐代， 宋以后被普遍采用 。 其船在结构上便于分舱， 有利于军队在航行途中进行军需品的管理和装卸， 但是舱板结构取代了加设肋骨的工艺， 简化了主体结构， 导致了船舶整体的横向强度的削弱 。 内河由于水平浪缓， 这种船尚能胜任， 但在茫茫大海上， 这种船便不那么坚固了 。
忽必烈也曾命南宋故地扬州、湖南、赣州、泉州等地建造600艘战船， 但1281年2月， 福建省左丞蒲寿庚上言“诏造海船二百艘， 今成者， 民实艰苦”， 造船之事遂中止 。 此外， 江浙行省的泉州和江西行省等地战船营造也困难重重 。 据《元史》可知， 第二次远征日本所用战船中， 高丽军900艘战船全部由高丽建造， 而江南所造战船仅有600艘， 元水军主力依旧使用的是来自南宋的内河船只 。
这些船只与明代长江流域使用的“九江式哨船”形状大体相同 。 这样的战船吃水浅， 抗风暴能力弱， 普通的台风便可使其遭受毁灭性打击， 更不用说是日本海的飓风了 。
【忽必烈为什么没能征服日本？】考古学家兰德尔·佐佐木的考古发现也指出了这一点， 他说：“迄今为止， 我们还没有在高岛附近海域发现V字形远洋船的龙骨， 我们可以想象那种为内河航运而设计的船遭遇海中大风浪时将会出现何种混乱的情形 。 ”当飓风袭来时， 这种吃水不深， 不具备破浪能力的战船似乎也只有倾覆这一种结局了 。
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