异养菌是利用自身分泌的各种酶来分解有机物的 ， 有些菌可以产生胞外酶 ， 这些酶被释放到水中 ， 菌体无需附着在有机物上便可以进行分解和吸收 ， 但有些菌只能产生表面酶 ， 也就是说 ， 菌体必须附着在有机物上才能分解和吸收 。 在滤棉上有较多的有机物 ， 这里也是异养菌大量繁殖的地方 。 滤棉是否应该勤洗勤换 ， 不能一概而论 ， 一般来说 ， 只要滤棉不堵就可以不清洗(或更换) 。 除了滤棉外 ， 还可以使用生化棉作为菌床 ， 因为它的孔隙比较大 ， 不容易堵塞 ， 可大大减少日常维护 。 底砂也是一种良好的滤材 ， 既可以培养硝化细菌 ， 也可以培养异养菌 ， 另外 ， 底砂可形成局部乏氧区 ， 对某些厌氧菌的生长有利 。
2、充分供氧 。
有机物的分解需要消耗大量氧 ， 会造成水体氧含量降低 ， 不仅威胁鱼的生存 ， 而且不利于好氧菌的生长和工作 。 及时补充水中氧的损耗 ， 在有机物浓度高的情况下具有特别重要的意义 。 硝化细菌是典型的好氧菌 ， 在缺氧时无法有效氧化氨和亚硝酸盐 ， 而氨和亚硝酸盐达到一定浓度时也会造成鱼的死亡 。
过滤系统的效率和氧含量成正比 ， 采用供氧良好的滴流或呼吸(潮汐)过滤方式 ， 可以加快菌膜的生长 ， 如果采用其它过滤方式 ， 除了提高水体的溶氧量以外 ， 也可以考虑对过滤系统进行局部增氧 。
3、主动引进有益菌 ， 可选择硝化细菌或复合菌(含硝化细菌)投入水族箱 。
硝化细菌无处不在 ， 只要有适合的条件 ， 它们就会繁殖起来 。 但硝化细菌属于自养菌 ， 必须在体内合成有机物 ， 繁殖较慢 ， 如果在水族箱内投入足量的硝化细菌 ， 可以加快硝化系统建立的速度 。
复合菌除了硝化细菌以外 ， 还有一些其它有益菌 ， 建议使用 。 有益菌不仅能高效清理水中的有机物 ， 有利于形成良好的微生态平衡 ， 还会产生一些有益的代谢物(主要是次级代谢物) ， 如抗生素、生长激素、维生素、生物硷等 ， 对抑制有害菌 ， 促进植物生长等有积极作用 。
在正常情况下 ， 经过约一个月左右的时间 ， 硝化系统便可初步建立起来 ， 水中的有机物浓度也降到比较低的水平 ， 这时 ， 就可以正式养鱼了 。
二、系统稳定性
开缸后 ， 一般最好是逐步增加饲养量 ， 因为这时的生物系统尚未稳定 ， 抵抗冲击的能力比较差 ， 处理不好就容易出问题 。
比较常见的问题是过滤系统能力不足 ， 或饲养密度和投饵量过大 ， 有机物排放量超过了系统的自净能力 ， 水体开始富营养化 。 解决的方法 ， 一是加强生物过滤(还可以配合物理吸附等辅助手段) ， 二是降低饲养密度和投饵量 ， 另外 ， 就是通过换水稀释 ， 这是最简单而有效的方法 ， 但过度依赖换水来维持水质 ， 会降低系统的稳定性 。
有机物浓度偏高 ， 虽然对大多数鱼没有什么直接影响 ， 但却是一个不可忽视的隐患 。 水中常见的纤毛虫 ， 在有机物浓度高的情况下容易大量繁殖 ， 这是水族箱中爆发纤毛虫病(如白点病)的重要原因 。 另外 ， 由于生物耗氧量大 ， 各种好氧微生物和鱼争氧 ， 对鱼的健康不利 ， 鱼的抵抗力下降 ， 也容易得病 。 有机物浓度高还为各种致病菌和条件致病菌的大量繁殖提供了有利条件 ， 在这种环境中 ， 鱼儿易患水霉病和细菌性肠炎等疾病 ， 有些微生物 ， 如葡萄球菌、链球菌、沙门氏杆菌、痢疾杆菌等 ， 会产生多种外毒素和内毒素 ， 对鱼有直接的危害 。 此外 ， 富营养化还会造成水体透明度下降 ， 影响水生植物的光合作用 ， 也不利于观赏 。
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