根茎不同：黄连的根茎发黄 ， 有分枝和很多须根；黄芩的根茎比较肥厚 ， 属于肉质的 ， 高达30-120厘米左右 。叶片不同：黄连的叶片属于革质 ， 顶端较尖 ， 呈卵状的三角形；黄芩叶片为坚纸质 ， 顶端较钝 ， 呈披针形至线状披针形 。花朵不同：黄连花朵长度约为5-6.5毫米 ， 黄芩花朵长度约为2.3-3厘米左右 。
一、根茎不同
黄连的根茎是黄色 ， 会有分枝 ， 具有很多的须根 。
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【黄连和黄芩的区别】黄芩的根茎十分肥厚 ， 属于肉质的 ， 底部伏地、上升 ， 高度可以达到30-120厘米 。底部的径为2.5-3毫米左右 。
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二、叶片不同
黄连的叶片有些革质 ， 长度约为3-8厘米 ， 宽度约为2-3厘米 。顶端十分尖 ， 呈卵状三角形 。
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黄芩的叶片为叶坚纸质 ， 长度约为1.5～4.5厘米 ， 宽度约为0.5～1.2厘米 。它的顶端是比较钝的 ， 底部为圆形 ， 呈披针形至线状披针形 。叶片上面为暗绿色 ， 下面的叶色相对来说比较淡 。
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三、花朵不同
黄连的花朵为线形活线状披针形 ， 长度约为5-6.5毫米 。它的顶端为渐尖锐 ， 中间具有蜜槽 。
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黄芩的花为紫色、紫红色或是蓝色 ， 长度约为2.3-3厘米左右 。其花柱十分细长 ， 先端比较尖锐 ， 微裂 。
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