抗病转基因植物：抗病转基因植物是近年来转基因植物研发的重点 。和害虫一样，各种植物病毒、细菌、真菌每年不仅给农业造成巨额损失，而且农药的过量使用不仅提高了种植成本，也会对人体和环境产生伤害 。通过转入抗病基因不仅节省成本，也减轻了对人体和环境的伤害 。目前常用的抗病基因有植物病毒的外壳蛋白基因、病毒复制酶基因、核糖体失活蛋白基因、干扰素基因、非植物起源的杀菌肽基因如拟南芥RPS2基因和番茄PTO基因等 。除了商业化生产的抗病毒番木瓜，到目前为止已相继培育出了抗纹枯病、稻瘟病水稻，葡萄孢菌抗性烟草，抗炭疽病、白粉病和角斑病草莓，抗麻风病、柑橘溃疡病和青果病柑橘等 。
抗除草剂转基因植物：杂草是在种植农作物时不得不面对的一个大问题，杂草作为作物的竞争者会竞争作物的生存空间和养分，极大降低了作物的产量 。而现行的除草方法是使用化学方法除草，所谓伤敌一千，自损八百，化学除草剂的使用虽然除去了杂草，但同时也会对环境和土壤造成危害 。于是科学家便尝试把抗除草剂的基因转入植物内，培育抗除草剂的植物 。到2017年为止，已经有200多例抗除草剂作物进入产业化，占转基因作物种类总数的70%左右，包括抗草甘磷的大豆、玉米、棉花、油菜、向日葵、甜菜、水稻；抗咪唑啉酮的玉米、油菜、甜菜、水稻；抗磺酰腺类的大豆、棉花；抗溴苯腈的棉花、烟草等 。中国已获得的抗除草剂转基因作物有抗Basta（一种除草剂）水稻、小麦、烟草、油菜、芝麻；抗阿特拉津大豆；抗溴苯腈油菜、小麦及抗草甘磷小麦等 。BAR基因产物因能对草甘磷进行修饰，是迄今为止用得最多的一个抗除草剂基因，已成功地用于小麦、水稻、玉米、大麦、油菜等作物的遗传转化 。另外，作为选择标记基因，抗草甘磷的AROA基因、抗溴苯腈的BXN基因和抗绿磺隆的CSRL基因等也成功用于不同作物的遗传转化 。
抗非生物逆境转基因植物：随着人口的增加，一定面积的土地需要养活的人口也在不断增加，世界范围内适合耕种的土地是有限的，大部分土地并不适合耕种，比如高寒地带、高盐碱地带等，如果能够在这些地方进行作物种植，那么将会极大缓解目前的粮食短缺问题 。事实上目前的抗非生物逆境转基因植物研发工作主要集中在抗旱、耐盐碱、抗高温、耐低温转基因植物上 。山东师范大学生物学院实验室已培育出耐盐转基因番茄、大豆、水稻、速生杨；孟山都公司已经在美国西部推广种植全球第一例耐旱转基因玉米；科学家还成功地将北冰洋比目鱼的抗冻基因导入草莓中，获得的转基因抗冻草莓已在美国上市销售 。其它已经培育的抗冻植物包括抗冻西红柿、抗冻烟草等；目前的研究还发现通过转入耐盐碱的基因，玉米的耐盐碱性也得到了一定的提高 。
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