绝大多数的慢性乙肝患者携带病毒将会是终身性的，无论病情轻重，无论是乙肝“小三阳”还是乙肝“大三阳”，无论血液化验检查表现出怎样的结果，肝组织里的乙肝病毒始终存在，为什么会这样呢?
(1)乙肝病毒一旦侵入机体，往往以肝脏为“大本营”，病毒感染肝细胞核，形成共价键闭环DNA(cccDNA)，这种超螺旋结构是病毒复制的模板，由于其结构稳定，并潜藏于肝细胞内，要想将它清除掉，非常困难，目前使用的种种抗病毒药物，使用得当，有可能将游离在血液中的病毒清除，但是不可能清除肝细胞内的整合状态的病毒，只要一停药，肝细胞内的病毒模板又会不断复制出新的病毒，释放到血液中，因此病毒“巢穴”难以捣毁，病毒会长期潜伏，定期检查可以了解病毒的复制情况和变异情况 。
(2)目前尚无治疗乙肝的特效药物问世，最好的抗病毒药物，例如长效干扰素、核苷类抗病毒药物，也只能起到抑制病毒复制的作用，药物在使用过程中，病毒复制只得到有效的抑制，病情相对稳定，但是治疗停止后不久，病毒复制又可能死灰复燃，病情再次活动起来 。
(3)乙肝病毒多处存在：乙肝病毒为泛嗜性病毒，可在肝脏、胆管上皮细胞、胰腺、淋巴细胞等组织和细胞中存在和复制 。抗病毒药物较易清除血中乙肝病毒，而组织细胞中的乙脏病毒不易被清除或清除较难，成为复发的重要原因之一 。
(4)病毒基因类型和准种：研究结果表明，我国乙肝患者的基因类型主要为B型、C型和BC混合型，这些类型容易慢性化，并且易向肝硬化演变，同时对于干扰素等抗病毒药物难起应答 。每一个乙肝患者本身病毒还存在不同的准种，使得每一个患者携带的病毒基因测序，都会有所不同，想要发明一种药物，同时解决所有的病毒准种，几乎成为泡影 。我国乙肝患者表面抗原有着不同亚型，主要为adw、adr，这些亚型不同于欧美国家乙肝表面抗原亚型，这可能是抗病毒药物对于我国乙肝患者难以奏效的又一原因 。
(5)免疫耐受：家族性的母婴或父婴垂直传播与婴幼儿水平传播是我国乙肝传染发病和肆虐的主要原因 。机体的免疫系统尚不成熟的发育阶段，一旦感染乙肝病毒，无法识别或清除，乙肝病毒长驱直入，到肝脏安营扎寨，待机体发育成熟后误将乙肝病毒当作自身成分而难以发挥排斥或清除作用 。这是我国慢性乙肝难治性原因之一 。
(6)基因整合：早期感染乙肝病毒，由于免疫耐受常无异常表现，至偶然查体被发现而开始治疗时，中间往往间隔数年甚至于数十年，乙肝病毒DNA(脱氧核糖核酸)早已发生多处基因整合，病毒不仅根深蒂固，而且非常顽固，潜藏得很深、整合得很牢固 。此时治疗即使血清中乙肝病毒多项指标(如“两对半”等)下降或消失，化验结果喜人，但是过不了多久，细胞内整合的病毒基因又可在停药后复制、表达，造成反跳、复发，这是我国乙肝难治的又一重要原因 。
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