很多人都知道“乙肝两对半”检查，但对HBV-DNA知之不多 。简单地说，HBV-DNA就是使乙肝病毒能复制出新的病毒的遗传物质，简称乙肝病毒基因 。世界上任何生物都是依靠自身的DNA来复制自己的后代，以求制造出相似于自身的生物，因此，它是不可或缺的因子 。乙肝病毒也一样 。
乙肝“大（小）三阳”和HBV-DNA又是什么关系呢？乙肝“大（小）三阳”中的抗原或抗体都是蛋白质成分 。抗原是病毒本身的组成成分，抗体则是患者本身产生的能中和病毒抗原的蛋白质 。举个形象的例子，乙肝病毒犹如一只橘子，HBsAg（乙肝病毒表面抗原，即病毒的外衣）是橘子皮，HBeAg和HB-cAg （病毒的核心成分）是橘子的瓤，HBV-DNA好比橘子的核（含有能长出橘树的DNA） 。因此，HBV-DNA就是乙肝病毒的“种子” 。因为种下无核蜜橘是不会长出橘树来的 。同样，如果乙肝病毒只有抗原而没有HBV-DNA，是不会传染别人的，因为它没有复制病毒的能力，病人也就彻底痊愈了 。
医生在衡量乙肝患者的病情时，需要测血液中是否含有HBV-DNA（定性，即阳性还是阴性），确定是否有感染性；而且还要测一下带有病毒的数量（病毒载量），就是判定感染性的高低，通常是以每毫升含有多少病毒的拷贝数（拷贝/毫升）表示患者血液中病毒载量（病毒载量所表示的意义见下表） 。
HBV-DNA的定性和定量对医生的诊断和用药非常重要，如果是阳性而且病毒载量很高，建议到专科医院诊治，否则病情会发生变化 。有的人因病情反复，可引起肝硬化；有的则因乙肝病毒的DNA和人肝细胞的DNA发生整合，而促使癌变 。
在抗病毒用药中，干扰素和核苷类似物是两大类可供选择的药物 。两者都要求在转氨酶升高时治疗，前者对乙肝病毒标记物血清转换优于后者，后者对HBV-DNA抑制效果优于前者 。因此，进行HBV-DNA的监测就成为选择药物和判断用药时机的依据之一 。
至于选择干扰素还是核苷类似物，则受综合因素的影响，不能单纯说哪种更合适，可由专业医生进行判断 。不过核苷类似物中，2006年已获国家食品药品监督管理局批准的用于慢性乙肝治疗的博路定（恩替卡韦片） 。核苷类似物容易产生耐药性，新颁布的《慢性乙型肝炎防治指南》指出，博路定是耐药发生率低的药物，对初治患者治疗2年的耐药发生率为零 。临床实验还显示，博路定能有效抑制HBV-DNA的复制，疗效优于拉米夫定；对发生YMDD乙肝病毒变异者，将博路定剂量提高一倍能有效抑制HBV-DNA的复制 。博路定的批准上市，使乙肝患者在治疗时多了一种选择 。但现有的抗病毒药物对病毒复制时期的载量高低要求不同，因此，乙肝患者一定要遵医嘱进行HBV-DNA复测随访，把握最佳治疗时机 。
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