外形：前者高可达5-10米，而后者高为2-6米 。叶片：前者为椭圆卵形或者椭圆长圆形而后者椭圆形或者披针形后至倒卵披针形 。果实：前者为长椭圆形，暗黄色而后者为卵球形或者接近圆柱形，黄色表层带有一点红晕 。
一、外形区别
木瓜树为灌木或者小乔木，高可达5-10米 。小枝在初期时颜色为紫红色，有毛，两年后生枝无毛，变为紫褐色，冬芽为半圆形，先端较圆钝 。
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木瓜海棠属于落叶灌木后至小乔木，高为2-6米 。小枝颜色为紫褐色，无毛 。冬芽为三角卵形，先端为急尖 。
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二、叶片区别
木瓜树的叶片为椭圆卵形或者椭圆长圆形，很少部分为倒卵形，初期时下面有很多黄白色绒毛，不久之后将脱落干净 。
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【木瓜树和木瓜海棠的区别】木瓜海棠的叶片为椭圆形或者披针形后至倒卵披针形，初期时上面无毛，下面有褐色绒毛，以后也会脱落几乎无毛 。
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三、果实区别
木瓜树果实形状为长椭圆形，颜色为暗黄色 。而木瓜海棠的果实为卵球形或者接近圆柱形，颜色为黄色表层带有一点红晕 。
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